Cục Quản lý nợ và Tài chính đối ngoại được tổ chức thành 9 phòng, gồm:

1) Văn phòng Cục: Chánh Văn phòng - Bà Trương Thùy Vân

2) Phòng Kế hoạch và Quản lý rủi ro: Trưởng phòng - Bà Dương Quỳnh Lê

3) Phòng Kế toán nợ và Thống kê: Trưởng phòng - Ông Đặng Quang Huy

4) Phòng Quản lý dự án trung ương: Trưởng phòng - Bà Phạm Thị Hồng Vân

5) Phòng Quản lý dự án địa phương: Trưởng phòng - Ông Nguyễn Hoàng Lâm

6) Phòng Quản lý nợ đối với các Chính phủ nước ngoài: Trưởng phòng - Bà Phạm Hoài Anh

7) Phòng Quản lý nợ đối với các tổ chức tài chính quốc tế đa phương: Trưởng phòng - Ông Nguyễn Trọng Nghĩa

8) Phòng Quản lý bảo lãnh Chính phủ và Vay thương mại: Trưởng phòng - Bà Nguyễn Thanh Bình

9) Phòng Quản lý viện trợ: Trưởng phòng - Ông Nguyễn Ngọc Hưng.