Nội dung công tác quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài được triển khai thông qua việc cấp, gia hạn, bổ sung, sửa đổi các loại giấy phép, theo dõi, giám sát và đánh giá tình hình hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài. Bản Ghi nhớ giữa Ủy ban công tác về các tổ chức phi chính phủ nước ngoài với các tổ chức phi chính phủ nước ngoài là cơ sở pháp lý quan trọng cho việc thực hiện cấp phép. Tuy nhiên, việc quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài cũng như quản lý tài chính của các tổ chức này là tương đối khó khăn.

Nhằm tăng cường công tác quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài, theo Nghị định số 12/NĐ-CP ngày 01/3/2012 của Chính phủ nói trên, các tổ chức phi chính phủ nước ngoài hoạt động tại Việt Nam phải nhằm mục đích phát triển, viện trợ nhân đạo, không vì mục đích lợi nhuận hoặc các mục đích khác tại Việt Nam. Vì vậy, việc quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài được thực hiện thông qua việc quản lý hoạt động cung cấp viện trợ của các tổ chức này cho các nước sở tại và quản lý các đối tác tiếp nhận viện trợ của nước sở tại. Một số quốc gia trên thế giới đã thông qua một số hình thức khác nhau như quy định các tổ chức trong nước muốn tiếp nhận viện trợ phải được phê duyệt trước của các cơ quan quản lý nhà nước về viện trợ của Chính phủ; hay quy định mức trần viện trợ mà mỗi tổ chức nhận viện trợ được phép tiếp nhận; hay luồng tiền viện trợ từ nhà tổ chức phi chính phủ nước ngoài phải được chuyển vào tài khoản mở tại một số đơn vị/ngân hàng do Chính phủ quy định, hay chỉ quy định một số lĩnh vực cụ thể mới được phép tiếp nhận sử dụng nguồn vốn viện trợ.

Theo Luật của Hy Lạp, một tổ chức xã hội dân sự muốn nhận bất kỳ một khoản viện trợ nước ngoài nào cần phải có sự phê duyệt trước của Bộ Lao động Xã hội, trong đó bao gồm cả nội dung đăng ký hoạt động của tổ chức nước ngoài tại Hy Lạp, năm 2013 Hy Lạp đã ra tuyên bố phạt tù đối với 43 đại diện của các tổ chức xã hội dân sự khi không thực hiện các quy định trên.

Tại Bangladesh hay Nepal, các tổ chức xã hội dân sự muốn nhận được viện trợ đều phải có phê duyệt của các bộ ngành thuộc Chính phủ. Hay Turkmenistan, một quốc gia nằm ở phía tây nam khu vực Trung Á đã ban hành Sắc lệnh Tổng thống về đăng ký dự án viện trợ nước ngoài và chương trình cứu trợ nhân đạo và tài chính Quốc gia, theo đó Sắc lệnh này thành lập ra một hội đồng gồm đại diện của các cơ quan chức trách liên quan để thực hiện việc thống nhất lựa chọn và thông qua tất cả các dự án và chương trình được nước ngoài tài trợ.

Ấn Độ đã ban hành Luật Báo cáo tín dụng (FCRA), theo đó các tổ chức xã hội dân sự tại Ấn Độ muốn nhận viện trợ phải đăng ký theo FCRA. Các tổ chức xã hội dân sự sẽ phải đáp ứng các yêu cầu chỉ tiêu cụ thể trong 3 năm tài chính được quy định trong FCRA. Sau khi được phê duyệt, các tổ chức xã hội dân sự có thể nộp đơn xin nhận viện trợ từ nhà tài trợ nước ngoài lên tới 5 năm.