Tuy nhiên, khuôn khổ pháp lý nói trên vẫn còn một số tồn tại như: quy định quản lý tài chính viện trợ được quản lý theo hai Nghị định khác nhau nhưng  chưa đủ hướng dẫn mọi khoản tài trợ từ nước ngoài; đã có phân cấp, có giao trách nhiệm chủ trì, phối hợp nhưng không có chế tài xử lý các vi phạm. Một số nghị định về quản lý nguồn viện trợ ODA và viện trợ phi chính phủ nước ngoài và các văn bản liên quan vừa được sửa đổi hoặc đang trong giai đoạn sửa đổi, các thông tư hướng dẫn cũng cần được nghiên cứu sửa đổi trong thời gian tới.

Trong bối cảnh nguồn viện trợ ODA không còn nhiều khi Việt Nam trở thành nước có thu nhập trung bình, viện trợ phi chính phủ nước ngoài tương đối phức tạp và nhạy cảm, xuất phát từ những vướng mắc khi nghiên cứu, rà soát chế độ chính sách hiện hành và thực tế thực hiện, và từ yêu cầu quản lý nguồn viện trợ trong giai đoạn tới, định hướng quản lý, phương thức quản lý tài chính nguồn vốn viện trợ này cần có sự điều chỉnh, thay đổi phù hợp, Nhóm nghiên cứu đã đề xuất thực hiện các nội dung này tại Đề tài Đề xuất sửa đổi, bổ sung các hướng dẫn về quản lý tài chính viện trợ không hoàn lại của nước ngoài.

Đề tài đã đưa ra bức tranh tổng thể về các quy định quản lý tài chính viện trợ, chỉ ra các bất cập, thiếu sót, tồn tại và đề xuất sửa đổi quy định quản lý tài chính có tính khoa học và thực tiễn như xây dựng văn bản cấp luật để thống nhất quản lý nguồn viện trợ; đề xuất các nội dung quy định dự kiến đưa vào văn bản cấp luật, cấp nghị định, cấp thông tư; bổ sung quy định về chế tài thực hiện; đề xuất một số giải pháp để thống nhất đầu mối quản lý viện trợ trong ngành tài chính ở trung ương và địa phương; bổ sung nhóm giải pháp liên quan đến hệ thống thông tin cơ sở dữ liệu hỗ trợ cho công tác quản lý.

Đề tài đã được Hội đồng Khoa học của Cục Quản lý nợ và Tài chính đối ngoại tổ chức nghiệm thu tháng 11/2017 và xếp loại đạt.